本作是以《攻殼機動隊 SAC_2045》第一季為基礎加入全新畫面與后重新制作的劇場版作品。故事講述2045年，全世界在陷入全球同時違約的經濟災難后，開始進入了永不結束的可持續戰爭之中，然而，過度發展的人工智能卻在近未來導致人類瀕臨滅絕。為了防堵突然從網絡社會中誕生的后人類犯罪，日本總理下令秘密重組公安9課，讓全身都是由義體組成的草薙元子率領眾人前往在先前大戰中變成廢墟的東京，而在那等待著他們的是自稱N的難民集團以及突如其來的美國特殊部隊。隨著被奪走的原子力潛水艦即將引發核戰，公安9課、后人類、美國三方的交鋒也越演越烈...