U.C.0079年，一年戰(zhàn)爭(zhēng)末期，聯(lián)邦軍對(duì)應(yīng)阿姆羅・雷的能力，秘密地在中立衛(wèi)星SIDE 6開(kāi)發(fā)新型敢達(dá)。持有對(duì)MS好奇心理的少年阿爾弗雷德拍下了新敢達(dá)ALEX的有關(guān)資料，引來(lái)了吉恩軍的特種部隊(duì)“獨(dú)眼巨人CYCLOPS”，還與其新成員巴尼結(jié)下了深厚的友情。巴尼的任務(wù)是要摧毀ALEX，否則吉恩軍將不惜用核彈摧毀中立衛(wèi)星SIDE 6。在阿爾弗雷德的幫助下，巴尼與ALEX展開(kāi)生死對(duì)決。但他卻不知道，此時(shí)吉恩軍已經(jīng)宣布戰(zhàn)敗，而他的對(duì)手高達(dá)ALEX的駕駛員是他的戀人克莉絲汀娜・瑪肯吉。